Visualització de molècules amb RasMol

El grup d’estructures biomoleculars de la Universitat d’Edinburg, amb Roger Sayle i el Grup de bioinformàtica del Gluxon Wellcome Research and Development de Stevenage han dissenyat un programa anomenat RasMol encarat a la visualització de molècules. Aquest programa és de lliure distribució i pot baixar-se d’Internet a partir de l’adreça ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol/ . Hi ha versions per a diferents sistemes operatius.

En l’entorn Windows, no es necessita instal·lar-lo, n’hi ha prou amb baixar els fitxers de l’adreça esmentada i executar el fitxer “raswin.exe”.

A partir de RasMol s’ha desenvolupat també un “pluggin” per als navegadors d’internet que permet l’observació i manipulació de molècules situades en pàgines web. Es tracta del “Chime”. Podem també descarregar-nos aquest pluggin desde l’adreça http://www.mdl.com/chime .

Els fitxers de les molècules 

RasMol pot llegir diferents formats de representació de molècules. El més conegut és el format PDB (Brockhaven Protein Databank) però també es poden obrir els formats MOL, MDL, MSC, XYZ i CHARM. Aquests fitxers contenen les coordenades a l’espai dels àtoms que formen una molècula, així com les unions que hi ha entre ells. El programa RasMol s’encarrega de dibuixar els àtoms a la pantalla i ens permet ampliar o reduir la imatge, moure o girar la molècula...

Internet constitueix, a més, una autèntica biblioteca de molècules. Si volem aconseguir per exemple, el fitxer en format PDB d’una molècula n’hi ha prou moltes vegades amb anar a un buscador com Google i escriure el nom o la fórmula de la molècula, seguit de les lletres “pdb”, dins la finestra de cerca.

Moltes pàgines web estan plenes d’enllaços a adreces que contenen fitxers de molècules per a visualitzar amb RasMol. Podem anar per exemple a http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/ o a la pàgina principal del programa: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ 

El programa raswin

 Quan executem el programa raswin se’ns obren dues finestres. Una és la finestra gràfica on veurem les molècules i l’altra és una finestra per escriure comandes al programa.

Per obrir un fixer d’una molècula n’hi ha prou amb fer clic sobre l’opció Archivo > Abrir i escollir un dels fixers PDB, per exemple, que ens haurem baixat d’Internet.

Immediatament ens apareixerà a la pantalla la representació de la molècula, en forma d’esquelet. Si volem veure els àtoms en la seva representació esfèrica cal que escollim l’opció Mostrar > Bolas&Bastones :

- Si escollim l’opció “Espacio Completo” no veurem els bastons que corresponen als diferents enllaços però tindrem una imatge més real de la molècula. Per a molècules molt complexes ens pot interessar més l’opció “Bastones”.

- Prem el botó esquerra del ratolí i arrossega’l per damunt de la imatge. Observa com gira la molècula quan desplacem el ratolí en les direccions horitzontal i vertical.

Un resum de les accions que es poden fer amb el ratolí serien:

El programa permet, a més, exportar les imatges que veiem en pantalla de cara a incloure-les en treballs, pàgines web...

Els menús apareixen inicialment en anglès però si escrivim la comanda “spanish” (a partir de la versió 2.7) dins la finestra de comandes observarem que automàticament es tradueixen al castellà.

- Si volem ampliar o reduir la imatge, a més prémer el botó esquerra del ratolí i arrossegar-lo el en direcció vertical sobre la imatge, cal que premem a més la tecla “shift” de les majúscules.

A més de les accions que poden fer-se amb el ratolí, en la finestra de comandes podem escriure tota una tira d’instruccions. Si escrivim “help commands” veurem la llista d’ordres possibles i si escrivim “help” seguit d’una ordre el programa ens mostrarà més expliacions del seu funcionament. També podem mirar l’ajuda que porta el programa (Ayuda > Manual del usuario).

Com a exemple, una senzilla ordre que podem escriure a la línea de comandes:

set  background white

i el color de fons passarà a ser blanc.